Les mises en place de troupeaux soumis au programme de contrôle des salmonelles sont directement enregistrées dans la Banque de données sur le trafic des animaux (BDTA). Cela concerne les exploitations avicoles qui détiennent plus de 250 animaux d’élevage et 1’000 poules pondeuses ou dont la surface au sol du poulailler est supérieure à 333 m2 pour les poulets à l’engrais, et plus de 200 m2 pour les dindes à l’engrais. Le délai de notification est de dix jours ouvrables.
Les données relatives au troupeau déclaré sont automatiquement reprises sur la demande d'analyse de salmonelles. La loi (OFE, art. 258) prescrit d'utiliser cette demande d'analyse établie automatiquement par la BDTA et préremplie électroniquement (il existe ici deux variantes, voir ci-dessous). C'est la seule façon de garantir que les résultats des analyses de salmonelles, qui sont intégrés dans la banque de données du laboratoire, puissent être clairement attribués à ces troupeaux.